Chacune des isotopies d'une construction poly-isotopique doit concerner tous les éléments de la SST. Ceci constitue une contrainte forte, surtout si l'on veut expliciter la récurrence d'un ensemble de traits sémantiques tout au long d'un texte. La notion de molécule sémique4.18 dans [56] sert précisément à cette fin mais elle a une souplesse considérable : il n'est pas nécessaire que toutes les entités positionnées possèdent, chacune, tous les traits sémantiques de la molécule.
Un schéma d'une telle construction au sein d'une seule entité textuelle est présenté dans la fig. 4.16. La molécule est constituée de 3 ensembles de RE (correspondant à trois schémas de RE, ou traits sémantiques à attribuer) contenant des RE qui sont récurrentes sur des sous-ensembles des entités positionnées (éléments effectifs). Pour toute combinaison de deux ensembles de RE, au moins une RE du premier ensemble et une du deuxième ont un élément effectif commun : c'est ce qui garantit que la molécule n'est pas constituée d'isotopies complètement disjointes.
